Nace un 25 de septiembre de 1881 en la casa ubicada en Av. Juárez esquina con Av. Universidad en esta Ciudad de Santiago de Querétaro. A sus 3 años de edad muere su madre la Sra. Virginia Taboada de Borja y es internada un año más tarde en el “Colegio de niñas de Nuestra Señora de Guadalupe” atendido por religiosas Carmelitas y asesorado por el P. Florencio Rosas. A los 9 años de edad Clemencia regresa a vivir con su Padre a Jaral de Progreso en Guanajuato, quien había contenido segundas nupcias.
En 1892 regresa a Querétaro para posteriormente partir a la Ciudad de Morelia donde ingresa al “Colegio Teresiano de Guadalupe” ahí obtiene estudios de arte, dibujo, pintura, música y teatro además de estudios para Maestra.
En 1900 nuevamente regresa a Querétaro para partir a la Ciudad de México e ingresar con las Religiosas Eucarísticas con quien se mantuvo hasta 1913 que viene a Querétaro y durante su estancia funda la cofradía de Santa Zita y mantiene un encuentro con el P. Luis Martin con quien inicia planes para la creación de un Instituto Religioso.
Un 14 de febrero de 1915 fallece su padre Don Jesús María Borja Barbosa. La Reverenda Madre Clemencia Borja, conjuntamente con el P. Luis Martin dan por iniciada la fundación de la Congregación Religiosa de Misioneras Marianas el 17 de febrero de 1920, quedando ella al frente de la naciente fundación tras el fallecimiento de el P. Luis Martin, hasta el 22 de mayo de 1962 que ya en su vejez es retirada del cargo.
La Madre Clemencia Borja regresa a la casa del Padre Celestial un 12 de marzo de 1963.
Clemencia;
Mujer sencilla y humilde.
Mujer de Dios, profundamente contemplativa y
Generosa en el servicio. Mujer culta y sabia; educada y fina en su trato.
Mujer entrañablemente amada por sus hijas y su pueblo.